Самый простой способ: запускаем конфигуратор с старым релизом типовой конфы, выбираем "Объединение конфигураций" с измененным мдшником. В окне сравнения конфигаций проходимся по всем объектам, смотрим отличия внесенные вручную, переносим их в обновленный релиз типовой конфы.
А вообще где то я видел какую то утилиту которая с связке с GComp занимается подобным в автоматическом режиме. Одно плохо, Gcomp немного сложновата для людей не очень хорошо разбирающися в скриптах и программировании.
